深圳海關(guān)總轄大鵬海關(guān)及蛇口海關(guān)，關(guān)區(qū)號是一致的。（深圳海關(guān)關(guān)區(qū)包括深圳、惠州兩市）蛇口集裝箱碼頭與珠江流域和華南沿海各主要港口連為一體，開發(fā)支線和駁船運(yùn)輸?shù)臈l件得天獨(dú)厚。
  今天，蛇口集裝箱碼頭已經(jīng)成功開發(fā)了往返蛇口與珠江三角洲的“珠三角公共駁船快線”，服務(wù)范圍涵蓋黃埔、順德、江門、中山、珠海、佛山等主要碼頭。目前蛇口“珠三角快線”駁船經(jīng)營人有新柏鴻船務(wù)有限公司、水陸集運(yùn)容奇有限公司、廣運(yùn)船務(wù)有限公司、廈門鷺豐船務(wù)有限公司、浩達(dá)船務(wù)有限公司等，具體到哪個地區(qū)碼頭要看交通廳船舶批文上駁船公司有沒有申請這個服務(wù)。
  為安全起見，無論是有吊機(jī)的駁船，還是自航駁船，如果所裝集裝箱的總重量超過駁船載重量的百分之八十，蛇口集裝箱碼頭將拒絕裝船操作，海事處將會抽查，如果違規(guī)操作會有巨額罰款。蛇口港建設(shè)分一期工程（蛇口三突堤1#、2#泊位）、二期工程（3#、4#泊位），三期工程也正在規(guī)劃之中（5#號泊位也已經(jīng)投入使用）。招商港務(wù)也位于蛇口港區(qū)，從事港口裝卸、貨運(yùn)代理、陸路運(yùn)輸拖運(yùn)及駁船支線服務(wù)業(yè)務(wù)。SCT碼頭一直與招商港務(wù)在集裝箱泊位的使用上互相合作。